要根据生长季节、栽培方式、市场需求选择正真适合的番茄品种。优良的番茄品种应具有抗病、丰产、优质等特点。并且要检查种子的成熟度、饱满度、机械损伤度、发芽率及发芽势等项指标。合格的番茄种子其种子净度应高于98%，种子色泽纯正、无霉变，纯度高于 95%，发芽率高于88%，水分含量低于8%，为此选购种子应到信誉较高的科研单位或种子部门购种，严防购得假冒劣种子造成经济损失。
种子千粒重是种子饱满度的主要标志，若千粒重低于下限数字则不宜在生产上使用。一般大果型番茄种子的千粒重在3.2克左右。
为了提高番茄种子在生产利用的年限，应在种子贮藏过程中，尽量创造良好的条件，延长种子寿命。种子贮藏时，要使种子充分干燥，贮藏库的空气相对湿度尽可能降低，温度一般在5℃以下。一般番茄种子的寿命3～6年，在生产上利用年限2～3年。
播前种子处理，可减少番茄种子带菌，提高种子活力，促使出苗整齐一致，增强幼苗抗性。
是使番茄种子在有利于吸水的温度条件下，在短时间内吸足从种子萌动到出苗所需的水量。浸种容器可用干净的瓦盆、瓷盆或塑料盆，不要用金属或带油污的容器。浸种方法一般会用22～28℃干净的清水浸泡番茄种子。水要浸没种子，不断搅动，把浮在水面上的瘪籽去掉，用手搓洗种子，去掉沾在种子上的果肉、果皮和粘液等，然后再换清洁的同等温度的温水浸泡6～8小时，可使种子充分吸水。这种浸种方法简便安全，但对种子没有消毒杀菌作用。近年来随着栽培技术的逐步的提升，常采用以下方法处理种子：
具体做法是首先按特殊的比例配制多种微量元素的溶液。其配方为冷开水5000千克，加硫酸铜2克，硼酸2克，硫酸锌2克，硫酸锰1.5克，硫酸铵0.1克。然后将番茄种子用纱布包好，浸入此溶液中24小时后取出，稍荫干后再浸12小时。可促进番茄早熟，提高产量。
用5%～10%的赤霉素溶液浸种可促进发芽和秧苗生长，但浓度不能过高，否则会引起秧苗徒长。
番茄种子传播的病害较多，如猝倒病、叶霉病、病毒病、早疫病、枯萎病、斑枯病、溃疡病等，因此，在播种前必须对种子做消毒处理。种子消毒的方法很多，可根据当地条件任选一种。
将番茄种子在凉水中浸包10分钟，然后放入50℃的热水中，不断快速地搅动，使种子受热均匀，并随时补充热水，用棒状温度计测水温，使水温稳定在 50～52℃，20～30分钟后捞出放在凉水中散去余热，然后浸种在25～30℃的温水中4～6小时。此法简便，成本低，杀菌力强，是常用的消毒方法。
将干燥种子放入70℃恒温箱中，处理72小时，然后再浸种、催芽、播种，对番茄病毒病有一定防治效果。
A． 先将种子放入清水中浸泡4～5小时后，再放入1%福尔马要溶液中（即40%甲醛溶液1份兑水99份），浸泡15～20分钟后取出用湿布包好，放在密闭容器中闷2～3小时，熏蒸消毒，然后再用清水反复冲洗干净。能减轻和控制番茄早疫病和枯萎病。
B．抗枯宁 用每支（2毫升）抗枯宁加水10～15千克，浸种4～5小时，然后将种子用清水反复洗净，稍晾干，对枯萎病等有防治效果。
C．高锰酸钾 先将种子于40℃温水中浸泡3～4小时，然后放入1%高锰酸钾溶液中泡10～15分钟，利用强氧化作用杀死种子表面病菌。将种子取出后用清水冲洗干净，可减轻溃疡病和烟草花叶病毒病的危害。
D．瑞多霉 用25%瑞多霉1000倍液消毒可防止种子表面带有晚疫病、绵腐病病菌。
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